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> ツールバーのブックマークの
> ブックマークツールバーと未整理のブックマークを非表示にする方法はありませんでしょうか？

#BMB_bookmarksToolbar,
#BMB_bookmarksToolbar + menuseparator,
#BMB_bookmarksPopup > menuseparator:last-of-type,
#BMB_unsortedBookmarks{
display:none !important;
}